Seit 1983 gibt es in der EKBO, zunächst in Westberlin, seit der Wende auch im übrigen Gebiet der Landeskirche, Gemeinden, die Flüchtlingen Beistand leisten, denen bei einer Abschiebung Gefahr für Freiheit, Leib oder Leben droht. Dieser Beistand hat bis zur Aufnahme von Flüchtlingen in Räumen der Kirche geführt.
Damit ist nicht ein dem staatlichen Asyl vergleichbares Rechtsinstitut, sondern eine Beistandshandlung christlicher Gemeinden gemeint. Die Kirchenleitung hat eine Handreichung für Gemeinden zum Thema Asyl in der Kirche herausgegeben.