In der EKBO sind viele Ebenen und Akteurinnen und Akteuren an der Friedensarbeit beteiligt. Die EKBO arbeitet in der Konferenz für Friedensarbeit im Raum der EKD mit und ist Mitglied in der Evangelischen Arbeitsgemeinschaft für Kriegsdienstverweigerung und Frieden. Zur Koordinierung dieser Aufgaben hat die Kirchenleitung am 28.04.2023 Pfarrer Dr. Jan Kingreen zum Friedensbeauftragten der Landeskirche berufen.
Ausgehend von dem Aufruf der Vollversammlung des Ökumenischen Rates der Kirchen in Busan 2013 hat sich die Landessynode auf ihrer Frühjahrstagung 2018 dafür ausgesprochen Kirche des gerechten Friedens zu werden. Alle Gemeinden, Kirchenkreise und Einrichtungen sind aufgerufen, sich neu mit der Friedensbotschaft des Evangeliums auseinanderzusetzen. Dazu hat die Landessynode das Wort Die Landeskirche auf dem Weg des gerechten Friedens mit großer Mehrheit verabschiedet. Dieser Weg ist demnach, wie der damals noch amtierende Bischof Markus Dröge präzisierte, ein „Pilgerweg, der die christliche Hoffnung auf Frieden im Blick auf unsern Alltag, auf die Gesellschaft, das Zusammenleben der Völker und die Schöpfung konkret macht“.